1. Да действительно, если по-быстрому, то в Excel удобнее. Но лучше потом диаграмму скопировать в Illustrator и там довести до ума. Заодно и посмотришь какую хрень выдает Microsoft (на тот случай на что можно нарваться если напрямую шурануть в pdf). Кстати, если будешь использовать диаграмы в изометрии, то будь готов к тому, что полученные линии вряд-ли будут гладкими.
2. Инструмент для построения диаграмм в Illustrator есть уже давно, но пока оставляет желать лучшего. Хотя как-то в сети мне встречались уроки, где автор именно с помощью этого инструмента делал оригинальные диаграмы. Так что можно поискать.
3. Я сам давно уже ищу прогу для построения диаграмм для полиграфии, но пока не удалось. Было бы здорово иметь plug-in к Illustrator. А пока если надо быстро, то Excel->Illustrator, если качественно и есть время, то Photoshop+Illustrator.