Какого типа дыры? Они должны быть в боксе со всех 6 сторон? Или бокс - относительно плоский и дыры в нем сквозные?
Пока жи картинку бокса.
Если бокс плоский и дыры в нем сквозные, проще всего сделать их арреем. Если даже дыры со всех 6 сторон... Ну, тут тоже проще всего арреем сделать одну сторону, размножить и переместить как надо.