если, как ты говорил выше, у двух узлов уже "одинаковые координаты", т.е. один лежит точно поверх другого, то надо просто щелкнуть по верхнему узлу пером - он удалится. для надежности можешь использовать именно "минусовое" перо. при этом может немного исказиться кривая (если она выходила из обоих узлов под разным углом).