Неактивны всмысле там не цветов или их даже открыть нельзя?
Просто есть такая вещь, что Илл урезает паллитру только до тех цвето, которые присутсивуют в макете.
Возможно если файл состоит из направляющих, то он ничего и не показывает, т.к. к ним приминить ничего нельзя!
Попробуй все выделить и скопировать в новый файл!