А ты в каналах UVW map для каждой группы фэйсов с различными ID указал различные номера для каждой текстурной карты? (Правда, если ты используешь сферическую карту, это не важно...) Тот же номер канала надо и в материалах указать.
P.S. Это всё нужно только для того, чтобы корректно отображались текстуры (их положение, поворот..)
А вообще-то, если в M-S материале суб-материалы расположены правильно (т.е. материал №1 будет присвоен автоматически фэйсам с ID1(присвоить его фэйсам с ID2 не удастся...), №2 - ID2 и т.д.), то никаких проблем быть не должно.. Сам ежедневно работаю с Multi-Subj материалами...