А попробуй расставить палитры как тебе надо и перезапустить InD.
При установке (конфигурировании) плагинов палитры расставляются в умолчательное положение, как после интсалляции. А при некорректном завершении они должны сохранять положение как при последнем корректном выходе. У тебя как?