хм. а зачем? для игрового движка, который поддерживает только треугольники?
никакой разницы, модификаторы скиннинга имеют дело с точками, на рёбра им плевать, но лучше наверно после, просто чтобы не засорять вьюпорт, ну и как вам было обьяснено в другой теме, это можно сделать уже в ходе экспорта модели