Насчёт PSD добавлю, что каждый день верстаю газету (цветные и чб полосы), причём если вырезаю в Шопе обьект по контуру, то, как правило, оставляю файл многослойным, например слой с прозрачным фоном (или частично прозрачным) + слой с обьектом. И такой файл загружаю в ID CS. Проблем с такими файлами не было ни разу.
PS. Конечно, можно было бы сводить все слои в один, записывать в TIFF с альфа-каналами и уже его загружать в ID. Что раньше постоянно и приходилось делать в QuarkXpress (10 лет именно на нём верстал газеты и журналы). Но после перехода на ID настолько понравилась его возможность вставлять в вёрстку напрямую файлы PSD (с прозрачностью или без), что полностью перешёл на PSD формат картинок. Причём независимо от того, чёрно-белая это фотка или цветная, есть там фон или фона нету. И пока ни одной проблемы, связаной с PSD (тюфу-тьфу-тьфу) пока не было.
PSS. В типографию отправляем PDF файлы (композитные). Печатаем принтфайл в "горячий" каталог, откуда их берёт Дистилер и делает из них PDF. Можно было бы делать PDF прямо из ID (экспорт или печать на Дистилер), но так сложилось исторически. Во-первых, принтфайл делаем с использованием драйвера типографского имеджсетера, во вторых, используем их же файл joboptions для Дистилера, в третих, часть полос делается в QuarkXpress на машинах, где нету Дистилера, поэтому нету и экспорта в PDF из Кварка.