Да, линкование AI-файлов версий, старше восьмой — штука коварная. Линкуй AI-шные EPS-ы — для InD они нормальные EPS-ы, а для AI они такие же родные, как *.ai.
Можно и с двойными линками, т.е. внедрять линкованные картинки в EPS не обязательно, InD их нормально считывает. Но будь внимателен и аккуратен при переносе файлов с места на место (другие каталоги, диски и т.д.).