Я лично брал этот материал объекта и делал с ним библиотеку. Затем при перетаскивании его в другую сцену я добавляю сохранённый материал из библиотеки в редактор матов уже новой сцены. И присваиваю его нужному оъекту.
Зачем два раза назначать мат объекту? Материал и так есть на объекте, хоть его и не видно в мат эдиторе, т.к. мат эдитор это редактор материалов, а не их хранилище...
Имхо все логично и не какого феномена нет. Если бы при Merge, в мат эдиторе материалы заменялись бы материалами Merge'енных объектов, то возникал бы другой вопрос, типа: "Почему когда я делаю Merge мои материалы удаляются...."