Думаю, в этом случае рационально сначала навесить эффекты на каждый план, организовав работу с планами в разных композициях или в разных независимых ветках одной композиции, а потом собрать в отдельном проекте в общую колбасу.
Причем, сборку делать удобнее в программе для монтажа.