Ну здесь множество способов, кстати руками это тоже можно сделать очень хорошо, если постараться.
Более технологичный способ - констрэйнишь твою лодку к поверхности воды в DNT по Geometry - получаешь чего хочешь, когда геометрия деформируется твоя лодка будет двигаться тоже - покачиваясь на поверхности. Можно еще всякие эффекты добавить, но я думаю сам разберешься. Если чего - пиши.