Не отключайте. Я бы категорически не рекомендовал - не перечислить, сколько раз они меня выручали.
Макс (даже x64) имеет привычку падать на тяжелых вещах (волосы, cloth, большие стеки, деревья шейдеров больше 100 нодов), и часто вылетал в среднем раз в 5 минут на машине с core i7-920 и 24 гигами.
Говорю по своему опыту - отключал, только когда ОЧЕНЬ тяжелая сцена, которая сохраняется около минуты и весит почти полгига, но тогда реально сидел нервничал и сейвил руками в отдельный файл после каждого серьезного изменения, если макс не обрушивался. Например, попробуйте пересчитать skin wrap для сетки со 100 тысячами полигонов - памяти хватает за глаза, но может тупо вылететь без причины. То же самое и про симуляции волос и тканей.
Зачем автобеки? Макс ОЧЕНЬ часто бьет основный файл сцены (причем капитально - попытка сделать merge из старой сцены рушит макс), и даже сами автобеки - но из автобека можно вытащить хоть что-то, если не из последнего, то из предпоследних - точно.
Я обычно увеличиваю количество автобеков до 25, и интервал в минуту - если сцена легкая. Если тяжелая - отключаю кнопкой (элементарный максскрипт) и сейвлю руками в отдельные файлы. На крайняк - ctrl+H.
Если отключите - потом будете горько жалеть.
Чистить папку зачем? Винты сейчас большие, лишние 10-15 гигов ни чего не стоят, а нервов и времени (если все сдохнет и придется переделывать с нуля) сэкономят огого.