Есть несколько вариантов предположений
1. Может ты нечаянно сделал Extrude с 0 высотой тех поликов?
2. Была сглаженна не вся модель, а только полики, за исключением тех, что с траблой(на картинке).
И также поробуй выделить всю модель, потом Normals>Soften Edge. Может помочь...
И проверь модельку на пятиугольники, для этого выбери полигон на модели, потом Select>Select using constrains, напротив Constrain поставь All and next, напротив Order, поставь Nsided.