File -> Publish to PDF (For Prepress)
Идёшь в Settings:
General -> Compatibility: Acrobat 4 заменить на Acrobat 5
Advanced -> Color Management -> Output All Object as: Native
Открываешь полученный PDF в AI и получаешь всё в лучшем виде, вплоть до прозрачностей (которые, правда, могут потерять режим и Opacity, превратившись в Normal 100%, но это уже пустяки — главное, что они не подверглись кореловскому «сплющиванию».)