Во-первых, все нынешние адобовские программы юникодные.
Во-вторых, InDesign нормально работает и с японским, и с китайским. Единственно, не может писать сверху вниз справа налево.
Я верстал по-японски и по-китайски тоже в AI, когда нужно было не по-европески (справа налево), я традиуионно (сверху вниз).
Я делал так:
В InD создаётся публикация на столько страниц, сколько надо.
На Master Page и на страницы кадутся все элементы оформления — подложки, картинки (иллюстрации), номера страниц, колонтитулы и т.п.
Тут же определяются размеры текстовых блоков, с учётом обтеканий, если они есть. По этим размерам эти блоки и завёрстывались в AI, и клались в InD в виде прилинкованных AI-файлов (можно, конечно, и EPS, и PDF).
Но у меня тексты были подготовленя так, что заранее разбиты на страницы, т.е. мне не надо было ломать голову над перетеканием текста с полосы на полосу.
Однако, если тебе нужно этим самым перетеканием озадачиться, то можно сделать так:
Создать макет в InD, как описано выше.
Создать в AI многостраничную публикацию, состоящую только из связанных текстовых блоков.
Разлить по этим блокам твой текст.
Сохранить в многосраничный PDF и постранично кинуть этот PDF в InD. Для автоматизации помещения многостраничных PDF существует бесплатный скрипт.
Будет недостаточно одного многостраничного AI-файла, создашь ещё один, и кинешь и InD и его.
И кстати, для такой вот вёрстки совершенно не обязательно мудрить с MultiPage. На это вполне сгодится и стандартная AI-шная многостраничность, и даже, как мне кажется, с ней будет поудобнее.