не обязательно ставить галочку ещё при первом экструде, её можно снимать и ставить в любое время после в атрибут эдиторе, если не стёрта история. Выделить тока крышку можно обычным прямоугольным выделением в другой проекции или выделить например центровую вершину, потом нажать ctrl-F11 для того чтоб выделились все полигоны к ней примыкающие, а потом с помошью Shift-> вырастить выделение до нужной степени