Попробуй запускать КолорПикер не из палитры инструментов, а из палитры Colors - но перед этим, ессно, надо снять выделение с градиентного объекта, иначе ему будет назначен новый цвет. После редактирования цвета надо снова выделить градиентный объект, тогда отредактированный цвет появится рядом в окошке Colors - в качестве Last used color. Теперь его можно drag-n-drop'ом перетащить в палитру градиента на нужное место.
Другого варианта я не нашел. Хотя, по-моему все это уж очень "замысловато". Не проще ли на время редактирования цвета в палитре Colors преключать ее в нужную цветовую модель (типа RGB или HSB)?
А насчет того, что AI не позволяет при этом лазить пипеткой по всем оттенкам в КолорПикере - ну... как говориться, у каждого свои недостатки )))