Сиквенс - это sequence, последовательность кадров. В АЕ есть ограничение на количество кадров в одной последовательности, не помню точно, но тысяч 5 помещается. Считай все в тарги, бей по папкам и создавай несколько авишек без компресии. На то, что они не открываются медиаплейером - забей. В Virtual Dub конверти потом все в нормальные МР4авишки. Останется сшить их в одну - для этого на сайте www.digital-digest.com в разделе DivX можно найти кучу разного софта для работы с МР4, для резки, склейки и т.д. Много времени это все не займет, перекодирование для этого не нужно.