Да, есть такая неприятность. Наверное, это благодяря экспериментам с системами координат:
Transform and Merge : An experimental feature. By setting the environment variable DF_XF_REFSIZE=True you enable a feature for Transform and Merge tools. This will allow you to specify a reference size for the transform tool. The default is 1 - 1, which means that the transform tool behaves exactly as it always has. Or you can set it to the expected size of your image, allowing you to enter pixel co-ordinates instead of values between 0 - 1.
А еще у меня пропадает альфа-канал в лодырях при закрытии и повторном открытии проекта.
Видимо, придется вернуться в 4.02.