положить один объект (выравниваемый) в тот по которому хочешь равнять и в координат менеджере в координатах по X, Y и Z выставить 0 (если необходимо то и угол поворота тоже в 0 поставить). Apply. Главное что бы система координат была выставлена в Object.
Обьекты можно выравнивать через функцию: Functions > Center
Есть еще плагины, которые позволяют делать и другие выравнивыния, в том числе и Mess, поищи их тут: http://cinema4d.com.ua/plugin_list.php