Мне нужно было оставить две части. Пару минут назад повторил и получилось. В общем очень странно это. Выбрал одну часть, закрыл дырку, но если её опять выбрать, то дырка не закрыта, тем не менее продолжил, закрыл у второй части. Теперь опять выбираю первую и там уже закрыта дырка, выбираю вторую, опять делаю закрыть, и так получается у двух частей.