А ты уверен, что облака в Матрице в 3Д делались? На мой неискушенный взгляд снималось реальное небо, с небольшой постобработкой..
А вообще.. Возьми сферу, примени к ней noise, такой.. чтобы внешне попохоже было.. потом заходи в редактор материалов, создавай такой с цветом под diffuse белый белый, и дальше поизвращайся с opasity, self illumination, и все тем же nois'ом как карта diffus'a..