Я могу предположить только одно: документ имеет цветовую модель RGB, а палитра у тебя отображает цвета по CMYK, ты вводишь цвет в CMYK'e, а Иль конвертирует его в RGB и снова в CMYK, чтоб тебе его показать в палитре.
Попробуй поставить цветовую модель CMYK, опять поменяй цвет, сохрани и закрой, а потом открой по новой, или все исправится или останется как было, тогда значит у тебя в макете есть некий объект RGB, из-за которого и не сохраняется в CMYK.