Да, такое бывает с афтером. Попробуй полезть в
C:\Documents and Settings\****\Application Data\Adobe\After Effects\Prefs
и убить афтеровские пресеты. После загрузки афтер востановит пресеты, но дефолтовые. Конечно, вероятно есть более тонкий способ - настройка пресетов, но как сделать не знаю. Способ описанный выше всегда срабатывал. Удачи!