видимо речь идет не о Smooth [M] а о Smooth Shift [F] - в нем есть некоторые глюки....
боротся с этим доволько просто, я например делаю smooth shift с нулевым смещением ( выделяем нужные полигоны, нажимаем [M] и кликаем на любом из вьюпортов) и после этого двигаю полученные полигоны чем угодно: scale, move, rotate, drag....при таком способе не возникают лишние точки, и ничего не разъезжается....