Вероятно, multysubobject (материал), напротив каждого материала стоит евойный ID, который будет присвоен стороне бокса с аналогичным ID. Нужно указать соответствующее колво материалов "set number" (скажем, если на каждую сторону бокса разные материалы, то "6"). Далее, назначить сответствующие ID сторонам бокса с помощью editpoly-polygon-setID, либо оставить как есть, если устраивает дефолтное назначение ID сторонам бокса. В текстурах есть map channel. Нужно каждой из них присвоить уникальный номаер, и соответствующий указать для каждой стороны (uvw map - map channel).
..по крайней мере я бы так сделал.