Всё зависит от конкретной геометрии. Если объект плоский - то сверлить в нём отверстия boolean'ом - мазохизм. Над тем, как объект будет модифицироваться в дальнейшем нужно думать уже сразу при его создании.
Так что не видя объекта можно дать только глобальные ответы, типа "нет, нельзя" или "да, вероятно можно, но как это будет в твоём случае сказать сложно".
wbr