Рендерь в любую последовательность (например name1.iff, name2.iff, name3.iff ... ... ... name1000.iff) Потом в AfterEffect импортируешь как последовательность (галочка IFF Sequence) дальше добавь компресию (мне нравится DivX 5.0.3), подбери нужный Bitrate и вперед.