Customize > Preferences > Viewports > параметры Show Vertices as dots и Size (рядом) проверь. По умолчанию у меня стоит галочка и размер = 2. Handle Size = 3.
нажимаю на "R" - трансформируется. выделяю пиксели и они уже становятся нормально выделяемыми. и продолжаю работать. но иногда пропадает и снова на "R" и продолжаю работать