Через Буфер из AI в InD переносятся объекты, доступные потом для редактирования при условии, что они проще некоего уровня сложности, точно устаноить который пока не удалось. Если объект (группа объектов) сложнее этого уровня, то они вставляются как внедрённый ни то AI, ни то EPSб ни то PDF — я не выяснял. Если такое происходит, то переношу такие объекты (группы) частями.
Из InD в AI объекты переносятся через Буфер вообще без каких-либо проблем.
Ещё имеет значение состояние флажков Prefer PDF when Pasting и Copy PDF to Clipboard в Preferances -> General (группа параметров Clipboard) — подобрать их не сложно.