Аналогичная ситуация, только ровно наоборот, наблюдалась, если сцену смоделленую и настроеную для рендера сделать в макс 4.2, а потом рендерить ее в макс 5 или макс 6. В макс 5 и макс 6 получалась быстрее раза в два. Но стоило эту сцену сохранить в макс 5 или макс 6 и открыть по новой, как время рендера становилось таким же как и макс 4.2.
ИМХО, это глюк связан с некорректной совместимостью версии Врея.