Загвоздка в понимании природы полигонов.
Сложный полигон (более 4-х вершин) на самом деле всё равно состоит из треугольничков, сделайте триангуляцию, будет видно. Ещё "пропадание" полигона может происходить при конвертации нормалей после операций булеан или разбиения полигона. Как средство "лечения" - аккуратная работа, не переусложняйте геометрию.
:о)