Есть такая фишка. Почему?... Скорее всего, из-за нормальной поддержки OTF, Шляпа в этом дока -- пусть объяснит. Однако проблемы это не решит.
Вот что, ты попробуй сей символ скопировать и вставить в диалог поиска/замены. У меня искалось и заменялось нормально (дефисы слетали). Заменять надо, соответственно, на нужный символ, набранный уже в 3 InDesign где-нибудь на полях или в новом фрейме. У меня работало Shift+Ins для вставки.