Все правильно происходит, текстура всегда растягивается до квадрата. Квадратная текстура самая оптимальная. В опциях UV Editor-a, в диалоговом окне после меню Polygons->UV Snapshot, есть галочка Keep Aspect Ratio, странно, что ты ее не заметил. Она означает квадратную текстуру, ее сними, вписывай значения в поля SizeX и SizeY, и получай текстуру нужного размера.