Попробую доходчиво объяснит в чём дело:
дело в том что Буль просто объединяет два объекта, делая из них как бы одну сетку, но при этом объекты остаются оторванными друг от друга! Вершины при Буле ведь не сливаются, и поэтому у тебя получается два отдельных элемента одной сетки. Вот Меш Смуф и обрабатывает их по отдельности т.к. ни вершинами, ни полигонами, ни рёбрами они друг с другом не связанны, они просто пересекаются один с другим и всё!
Вот так то! Если я прояснил ситуацию, искренне рад!