Сложненько конечно это. Как-то оченно давно видел я некий туториал где более менее это делалось. Делалось это несколько хитрым способом, в дисплейсмент материала(воды) ставилась карта на которой эти самые волны и были поставлены. И потом положение этой карты анимировалось вслед за кораблем.
Еще я видел вариант что эти самые волны появлялись с помощью сложного XForm. Этот вариант мне больше понравился, так как более настраеваемый.
Еще можно нос корабля отгародить дефлектором, а на перед поставить спрей, тоже может прокатить, ели у тебя корабль не быстроходный
Вообщем вариантов то много а вот мучений много