Так устроенна прога, нравиться Вам это или нет.
После неудачного удаления (Ctrl+Z) Вы, ведь, можете вернуться назад (Shift+Ctrl+Z)
Если нет желания пользоваться горячими клавишами, используйте Историю.
И Ctrl+Z не "удаляет слои в принципе", а просто отменяет Ваше действие.
Может я Вас не поняла, поясните, ибо, если Вас эта команда так бесит, ну не пользуйтесь ей.