Если имеется в виду Path Map в настройках Фьюжена, то да, можно так. В этом случае, та же композиция будет открываться и с новым размещением исходников, и со старым.
Есть еще такой скрипт - Change Paths (входит в стандартный комплект). Он делает поиск с заменой во всех лоадерах и сэйверах.
Может оказаться полезным скрипт Archive Composition. Он копирует композицию вместе с используемыми исходниками в указанное место и изменяет соответственно пути.