Так не должно быть.
Если при первом сохранеии файла отключить «PDF-совместивость», внедрение шрифтов, профиля и превьюшек, то при следующих сохранениях макет любой сложности должен сохраняться от долей секунды до считанных секунд.
А в твоём случае может быть много вариантов. Начиная с указанных вещей, заканчивая отключением службы индексации (в Винде), дефрагментацией диска и т.д.