С этой бедой я знаком уже давно. Не знаю почему они проподают, но решение есть... Зайди в Customize=>Preferences, нажми на закладке Gizmos, в поле Transform Gizmos посмотри стоит ли галочка напротив On, если нет то поставь, нажми Ok... После этого вроде как все должно быть нормально.