Автоматом в комбашене это наверно не сделаеш, а вот в ручную поэтапно возможно так: Допустим у нас в сиквенсе есть некая яркая точка, которую легко оттречить, движется начиная с 11-го кадра по 25 слева-направо перемещаясь с координаты 5 в координату 718 (по оси x) неравномерно. Стабилизируем ее в этом промежутке (в результате эта точка в данном периоде теперь находится в координате 5). Далее линейно анимируем этот слой так, что-бы точка переместилась из координаты 5 в 3-ем кадре в координату 718 в 25-м, И так поэтапно весь сиквенс. Надеюсь идея понятна!
P.S. Прошлым летом был на презентации 4-го шейка. Там стабилизацию можно делать автоматом.