Преимущества морф анимации в том, что можно настроить морф цели как угодно и придать любую мимику, особенно полезно в мультяшной анимации. При этом, сегодня можно управлять морфами удивительно гибко, техника называется бленд шейп
http://www.render.ru/books/show_book.php?book_id=792 . Минусы в том, что нет инструментов или какого либо простого способа для прикручивания мокап анимации, сложности с сохранением выражений лица, эти возможности надо писать или как то изобретать самим и морфы сильно тормозят систему, тк на каждого перса для хорошей анимации нужно сделать немало таргетов. К тому же есть сложности с прикруткой головы к телу если анимация делалась отдельно от тела для одной головы. Есть несско способов это решить но их опять же надо знать.
У костей свои плюсы, к ним более менее легко применить мокап, если постараться можно их легко использовать в мультяшной анимации, кости не тормозят систему как морфы. Если говорить конкретно о BonyFace то есть масса инструментов для работы в слоях, сохранения и смешивания поз итд. Плюс еще в том что механику костей можно настроить с помошью специального интерфейса, в то время как в случае с морфингом придется править морф цели. Костная анимация лишена морфинговой гибкости в плане преувеличенного искривления меша. (Хотя при желании на костную анимацию по идее не трудно навесить дополнительно парочку морф таргетов).