Между extruded полигонами дыры наверное потому что надо поставить галку в Polygons/Tool Options > Keep Faces Together
А склеить между собой полигональные поверхности одного меша пробуй Merge Verticles или Merge Edge Toolом , если по дефолту не склеятся , то загляни в опции этих комманд и измени чего следует .