залезь в swatch/select all unused(нажми треугольничек), затем в треугольничке delete - yes.
то же с brushes.
удаляет неиспользованные в данный момент цвета и кисти.
при необходимости модно их получить, открыв новый файл или загрузить с диска (в меню window brush library, swatch library)