> 1.4 - версия
Не должно быть того, что ты описываешь. Экспортом в PDF 1.4 прозрачности записываются как прозрачности, не подвергаясь Flattening.
> а потом я сделал единым слоем без масок и обрисовок
А за счёт чего прозрачный фон образуется? Точнее свой PSD опиши.