гм.... че-то действительно мутная тема
))
если рисуешь в шопе на прозрачном фоне то он в афтере и так прозрачным будет.
если вопрос в том как сделать таргу с альфа-каналом, то типа того что Garry описал. Я сам последний раз такую хрень еще в 5-м шопе делал, там правда немного по другому вроде называлось - че-то типа "новый матовый канал"
)