Проблема связана с направлением кривых.
Есть кнопка Reverse Curve Direction, которая появляется при выборе инструмента ShapeTool
Короне делай Breake Curve Apart, и у те кривых, которые залились, выделяй этим инструментом и жми на Reverse
Потом скомбинируешь по-новому - должно помочь
Лучше всего меняй направление и комбинируй по одной - так больше уверенности, что ничего не пропадет (проверено на личных ошибках