После операции булена примени модификатор Edit Mesh. Затем в списке Selection выбери Vertex, у тебя открытые вершины автоматом загорятся красным цветом, затем в списке Edit Geometry в группе Weld жми на кнопку Selected (значение по умолчанию 0,1). Вот и всё! Все твои дыры закроются и исчезнеут эти непонятные дырки! Удачи!