Можно и в кварке (4-ке, про старшие версии не знаю) это сделать.
Использовать IndexXtension 1.22 (скачать у кварка, если нет). Но нужно текст тащить в кварк как xtg + нужные слова должны быть выделены тегами. (<XO>,<XC>).
Если уже сверстано, то придется экспортить текст в xtg, расставлять теги индексов (Ворд+VB или руками) и опять затаскивать в кварк. После генерить список.